На підготовчому дворічному етапі, наперед на 5-7 років, виконують роботи, які здійснюють протягом ротації або ланки сівозміни.

Вибір полів. З екологічної точки зору КІО краще проводити в одному з полів ланки сівозміни. Найбільш придатними с поля чистого і зайнятого пару, або поле, що зайняте культурою яку рано збирають, де вноситься вапно або гіпс, у полях з позитивним балансом фосфору і калію якщо останні елементи є  імітуючими урожай, в зерно-просапних сівозмінах, у полях внесення гною, а також у полі попередника багаторічних трав де застосовується оранка. У господарствах із позитивним балансом поживних речовин, в яких переважають ґрунти з високим, підвищеним і середнім вмістом елементів живлення, перевагу надають; ґрунтам й середньою й підвищеною забезпеченістю.

За нестачі засобів хімізації негативного балансу поживних речовин і наявності в господарстві значних площ орних земель з дуже низьким, низьким та середнім вмістом елементів живлення, КІО слід планувати, насамперед, на полях, призначених для вирощування найбільш цінних сільськогосподарських культур, на зрошуваних і осушених ділянках, де найбільша віддача від застосування добрив.

Проведення дослідних робіт - виявлення ступеня забур'яненості, геоботанічне, ґрунтово-меліоративне, ерозійне, агрохімічне обстеження полів тощо. Найбільш дороговартісним є ґрунтово-агрохімічне обстеження, за допомогою якого встановлюють фактори, що лімітують урожай. Тому часто використовують результати попереднього дослідження, дотримуючись таких правил: якщо до КІО вносили понад 120 кг/га поживних речовин, то можна застосовувати дані не більше дворічної давності; при дозі, меншій 120 кг/га, строк давності збільшують у Лісостепу до 3-х, Степу - 4-х і Степу сухому до 5-ти років; якщо після попереднього обстеження було внесено понад 40 т/га гною або проводили хімічну меліорацію, то додаткові дослідні роботи обов'язкові.

Встановлення  лімітуючих  факторій. В умовах України це переважно підвищена кислотність або лужність, дефіцитний баланс гумусу, недостатня кількість азоту, фосфору, калію і мікроелементів. Доведення до оптимуму - основна мета КІО.

Планування врожаю повинне бути реальним. Одним із доцільних методів визначення величини запланованого врожаю є розрахунок середньої врожайності за останні 5 років. Розрахунки можна вести за сівозміною або по господарству, але краще брати середні дані продуктивності сільськогосподарських культур по кожному конкретному полю.

Абсолютні значення врожаю переводять у зернові одиниці. Розрахований середньобагаторічний урожай збільшують на 15-20% - це норматив підвищення продуктивності сільськогосподарських культур за рахунок комплексного застосування засобів хімізації.

Планування показників ґрунтової родючості. Бажано досягти оптимальних параметрів. Проте при комплексному агрохімічному окультуренні полів, це не є обов'язковою умовою, яку досягають протягом одного року. Вирішуючи дане питання, необхідно виходити з реальних можливостей господарства - наявності ресурсів, що забезпечують виконання поставлених завдань. Практика окультурення ґрунтів свідчить про перевагу поетапного доведення показників родючості ґрунту до оптимальних значень.

Визначення складу (перелік) робіт. Список заходів складають виходячи з визначення лімітуючих факторів, і в нього включають усі види робіт по їх ліквідації, доведення відповідних показників (рН сольової витяжки, баланс гумусу, вміст рухомих сполук фосфору, калію, мікроелементів) до оптимальних значень з підтриманням надалі досягнутого рівня

Розрахунок потреби в засобах хімізації для проведення КІО визначають за агрохімічним станом орних земель, величиною запланованого врожаю і конкретним завданням по досягненню того чи іншою рівня родючості ґрунту. У цьому разі враховують реальні можливості господарства щодо агрохімічного забезпечення поставлених завдань, тобто фактичні фонди агрохімікатів і заплановане збільшення їх постачання.

Не завжди існує можливість повністю забезпечити оптимальний 5-7-річний цикл комплексного агрохімічного окультурення ґрунтів з метою переведення всіх полів у фонд високородючих земель. Тому під час планування КІО за умов дефіциту добрив важливо правильно визначити першочергове максимально можливе введення в експлуатацію комплексно окультурених площ.

Виникає альтернатива - доводити агрохімічні параметри до оптимальних значень на менших площах, або до рівня середньоокультурених ґрунтів на більшій площі. Розв'язують її шляхом економічних розрахунків - який із варіантів вигідніший, той і застосовують. Проте, при будь-якому варіанті потребу в агрохімікатах визначають з урахуванням оптимальних значень показників родючості.